伊犁州檔案館館藏現存民國歷史檔案14個全宗3005卷，屬國家重點檔案，主要是伊犁區行政長公署、伊犁區屯墾委員會和伊犁區公安局等舊政權機關形成的有關政治、軍事、經濟、文化、教育、司法、涉外等內容的檔案文件，具有重要的研究和利用價值，是國家需要永久保存的珍貴檔案。由于歷史原因，館藏民國歷史檔案進館前大部分未經整理分類，標題未能揭示案卷及文件內容，且沒有檢索工具，不便于查找利用。再加上檔案形成年代久遠，受原先保管條件和搶救經費制約，仍有部分檔案破損情況較嚴重，急需搶救。
根據“十三五”時期國家重點檔案保護與開發工作的總體目標任務，切實加強國家重點檔案保護與開發基礎工作，為實現“讓歷史說話，用史實發言”提供堅實保障，針對館藏國家重點檔案的現狀，伊犁州檔案館于2016年8月中旬開始，全面組織開展對館藏國家重點檔案的系統整理和編目搶救工作，決定分三年三批次建立國家重點檔案文件級目錄數據庫，第一批計劃于2016年11月底前完成1000卷1.7萬件民國檔案的整理編目和搶救工作。
為完成此項工作，伊犁州案局領導高度重視，采取多項舉措，組織動員全局檔案人員在做好日常工作的同時，緊張有序地投入到館藏國家重點檔案的系統整理和編目搶救工作中。一是組織學習，提高業務。專門抽調業務技術骨干成立搶救整理工作領導小組，組織全館檔案人員學習民國時期歷史知識、學習民國公文知識，努力提高業務素質；二是科學分工，有序作業。依據人員特點和專長，進行分組并制定科學作業流程辦法，包括庫房消毒調卷、整理分類排序、審擬文件目錄、計算機注錄、規范裝盒入庫等工序，合理分配人員，形成流水作業。三是明確任務，責任到人。將工作指標具體量化分解落實到每道工序每個人身上，并要求嚴格按照國家標準和規范要求進行系統整理和編目，確保工作時效和工作質量。四是領導垂范，倡導精神。局領導和處室領導積極參與其中率先垂范，并結合“兩學一做”專題教育、對黨絕對忠誠專項教育活動，倡導全體人員積極發揚伊犁檔案精神，爭分奪秒、全力以赴地投入到工作中。此次整理編目工作的重點在于編目和計算機注錄，運用現代先進手段建立國家重點檔案文件級目錄數據庫，改變以往手工查檔方式。系統整理編目后的國家重點檔案將以分類明確、排列整齊、目錄清晰、便于查找的嶄新面貌向社會公眾提供服務利用。
